Wenn Du mit den Grundkörpern arbeitest, - die werden immer "am Nullpunkt" eingefügt. Das ist auch gut so, denn man würde bei komplexeren Projekten schnell den Überblick verlieren...
Und woher soll das Programm wissen wo du was haben müchtest ?
Wenn Du Objekte aus einer Skizze erzeugst kannst Du (als Beispiel) ein abzuziehendes Element auch dort Zeichnen wo es abgezugen werden soll.
Da glaube ich Dir nicht dass sich FreeCAD damit schwer getan hat...Ich weiß nicht warum aber FraaCAD hat sich schwer damit getan der Zylinder im richtigen Winkel zu platzieren.
Am Anfang am Leichtesten : Im Objektbaum rechtsklick auf das Objekt und "Transform" wählen, - Objekt schieben und drehen bis es so sitzt wie man möchte.